Pałac został wybudowany w 1689 r. przez ówczesnego właściciela dóbr zatońskich Balthazara von Unruh w formie barokowego dworu. W latach 1842-1843 pałac został przebudowany w formie klasycystycznej. Podwyższono wtedy pałac o jedno piętro i dobudowano nową część. W tym samym czasie zaczęto także przekształcać park wokół pałacu. Prace te zleciła księżna żagańska Dorota de Talleyrand- Perigord, która przeprowadziła się tu w latach czterdziestych XIX wieku. To na czas pobytu księżnej przypada najlepszy okres w historii pałacu.
Spalony przez wojska radzieckie w roku 1945 nie został odbudowany.
W 2018 roku zabezpieczono ruiny pałacu oraz udostępniono je zwiedzającym. Rewitalizacja parku odbyła się w ramach projektu „Zachowanie i wykorzystanie historycznych krajobrazów parkowych w Branitz i Zatoniu.
Zadanie publiczne jest współfinansowane ze środków otrzymanych z Urzędu Marszałkowskiego województwa lubuskiego